Malgré les contestations à ce sujet, la réduction de l’indemnisation des arrêts maladie a été entérinée. Chaque mois, l’équipe d’Hospimedia Réponse expert* apporte son décryptage juridique sur un sujet d’actualité.
La loi de finances pour 2025, publiée au Journal officiel du 15 février, a concrétisé le projet du Gouvernement de réduire l’indemnisation des agents publics placés en congé de maladie ordinaire (CMO). Après les débats sur l’introduction de cette mesure, de nouveaux surgissent concernant son application.
Réduction du traitement maintenu
Depuis le 1er mars 2025, les agents publics, fonctionnaires comme contractuels de droit public, bénéficiant d’un congé de maladie, voient leur part de traitement maintenu réduite à 90% au lieu d’en percevoir l’intégralité durant un temps donné. Les fonctionnaires perçoivent désormais 90% de leur traitement pendant trois mois (au lieu de 100%) puis, sans changement, 50% les neuf mois suivants.
Pour les agents contractuels, la réglementation prévoit désormais ce même pourcentage selon, toujours, le temps de service de l’intéressé, soit :
- après quatre mois de services : un mois à 90% de son traitement et un mois à 50% ;
- après deux ans de services : deux mois à 90% de son traitement et deux mois à 50% ;
- après trois ans de services : trois mois à 90% de son traitement et trois mois à 50%.
À noter que les agents contractuels sont affiliés aux caisses primaires d’assurance maladie, notamment pour le risque maladie. En conséquence, les indemnités versées par la caisse compétente sont déduites du traitement ou de la fraction de traitement maintenu par l’établissement durant ces congés.
Application à compter du 1er mars
Ces nouvelles règles d’indemnisation concernent les congés maladie accordés à partir du 1er mars 2025. Il y a donc lieu d’en déduire que les congés maladie accordés avant cette date demeurent indemnisés selon les règles antérieures. Tel serait le cas par exemple pour un CMO allant du 26 février au 5 mars 2025.
En revanche, bon nombre de personnes se sont interrogées sur le sort des prolongations des arrêts maladie ayant débuté avant cette date mais prenant effet à compter du 1er mars 2025. Plusieurs interprétations coexistent, cependant, à ce jour, aucune réponse officielle n’a été communiquée par les ministères concernés. Il semblerait toutefois que différentes directions générales — Direction générale des collectivités locales, Direction générale de l’administration et de la fonction publique, Direction générale des finances publiques — tendent à considérer que les prolongations de congé de maladie sont concernées par cette réduction d’indemnisation. Une réponse officielle demeure toutefois attendue par les acteurs de terrain.
Les congés de longue maladie, de longue durée, le congé de grave maladie et le congé pour invalidité temporaire imputable au service ne sont quant à eux pas visés par cette mesure. Les règles d’indemnisation n’ont évolué au 1er mars 2025 que pour les congés de maladie dits ordinaires.
Le jour de carence
Concernant le jour de carence, qui n’a pas évolué et demeure unique à ce stade, il convient de le décompter de l’appréciation des droits à congé maladie, sauf exceptions. En effet, dans une décision du 1er mars 2013, le Conseil d’État a confirmé que la période de maintien des droits à indemnisation doit être diminuée du nombre de jours de congé de maladie n’ouvrant pas droit à versement de rémunération. En ce sens, si un fonctionnaire est en CMO pendant plus de trois mois, il a droit à 90% de son traitement pendant 89 jours sur l’année de référence mobile. Pour rappel, à ce titre, aucune rémunération n’est versée le premier jour à compter duquel l’absence de l’agent à son travail est justifiée par un arrêt de travail, à hauteur d’un trentième.
Les impacts sur le régime indemnitaire
Malgré ce passage de 100 à 90% pour l’indemnisation du congé maladie, « le fonctionnaire conserve, en outre, ses droits à la totalité du supplément familial de traitement et de l’indemnité de résidence« .
En revanche, d’autres éléments seront impactés par cette baisse puisque calculés en pourcentage du traitement ou parce qu’ils en suivent le sort. Tel est le cas du complément de traitement indiciaire, de l’indemnité équivalente, de la nouvelle bonification indiciaire ou encore de l’indemnité de sujétion spéciale et de l’indemnité spécifique.
Plus globalement, risqueront d’être impactées les indemnités attachées au statut, qui demeurent maintenues durant les congés pour raison de santé.
Pour aller plus loin :
- Loi de finances, article 189, 14 février 2025 ;
- Code général de la fonction publique, article L822-3 ;
- Décret relatif à l’attribution d’une indemnité de sujétion spéciale aux personnels de la fonction publique hospitalière, article 3, 1er août 1990 ;
- Décret relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de la fonction publique hospitalière, article 10, 6 février 1991 ;
- Décret relatif aux conditions de mise en œuvre de la nouvelle bonification indiciaire dans la fonction publique hospitalière, article 2, 14 février 1994 ;
- Décret relatif au versement d’un complément de traitement indiciaire à certains agents publics, article 15, 19 septembre 2020 ;
- Décret modifiant le décret du 1er août 1990 relatif à l’attribution d’une indemnité de sujétion spéciale aux personnels de la fonction publique hospitalière et instaurant une indemnité spécifique pour certains personnels, article 3, 29 octobre 2021 ;
- Décret relatif aux règles de rémunération de certains agents publics placés en congé de maladie ordinaire ou en congé de maladie, article 6, 27 février 2025.
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